Les Tintinnides, un clade de Ciliés marin, sont reconnaissables par leur lorica, une structure vaseuse exosquelettique composée de polysaccharides, de minéraux, et de particules agrégées de l'environnement. Cette lorica, spécifique à chaque espèce, facilite leur identification et peut également servir d'indicateur écologique en fonction des conditions environnementales. En tant que microzooplancton, ils exercent une pression prédatrice sur le phytoplancton et des microorganismes photosynthétiques, assurant un flux d’énergie vers les niveaux trophiques supérieurs tout en participant au recyclage de matière organique dans la colonne d'eau. Leur écologie et leur morphologie font des Tintinnides un modèle intéressant pour l’étude des réseaux trophiques marins et des dynamiques écosystémiques.

Les Ciliés, membres du groupe des Alvéolés, sont des eucaryotes unicellulaires caractérisés par des cils arrangés en structures complexes qui facilitent à la fois la motilité et la phagocytose. Ils possèdent une organisation nucléaire unique avec un macronucleus fonctionnel et un micronucleus germinatif, participant à un cycle de conjugaison sexué. La diversité écologique des Ciliés s’étend des habitats marins et d’eau douce aux milieux terrestres, et leur rôle en tant que prédateurs microbiaux et recycleurs de matière organique est crucial pour le maintien de la biodiversité microbienne et pour les flux biogéochimiques des écosystèmes aquatiques.

Les Alvéolés, membres du clade SAR, constituent un groupe monophylétique caractérisé par des alvéoles cortico-cytoplasmiques sous la membrane plasmique, qui fournissent une rigidité structurale. Ce clade comprend trois sous-groupes majeurs : les dinoflagellés (photosynthétiques ou hétérotrophes, possédant des plastes secondaires d’origine diverse), les ciliés (protistes à cils présentant une grande variété de modes de vie) et les apicomplexés (parasites intracellulaires, dont Plasmodium spp.). Les Alvéolés jouent des rôles clés dans la production primaire marine, la prédation microbienne et les interactions hôte-parasite, et leur diversité génétique et fonctionnelle en fait un groupe d’intérêt dans l’étude de la biologie évolutive et de la phylogénie des eucaryotes.

Les Harosa, ou SAR, forment un super-groupe monophylétique d’eucaryotes qui inclut les Stramenopiles, Alveolates et Rhizaria. Ce groupe est caractérisé par une diversité génétique et morphologique remarquable : les Stramenopilescomprennent des phototrophes importants (ex. diatomées), les Alveolates incluent des lignées hétérotrophes et phototrophes (ex. dinoflagellés), et les Rhizaria rassemblent des amibes à pseudopodes. Ces organismes contribuent au fonctionnement des écosystèmes marins et d’eau douce, occupant des rôles de producteurs primaires, de recycleurs de nutriments, et de prédateurs microbiens. Leurs rôles dans la biogéochimie marine et leur complexité phylogénétique font des Harosa un sujet d’étude essentiel pour comprendre la diversité eucaryote.

Les Chromalvéolés constituent un groupe monophylétique potentiel d’eucaryotes, comprenant les Alvéolés (ex. Dinoflagellés, Apicomplexés) et les Straménopiles (ex. diatomées, algues brunes). Ce groupe est supposé avoir acquis des plastes d’une endosymbiose secondaire avec une algue rouge, donnant lieu à une diversité trophique allant de la photosynthèse aux formes parasitaires. Les Chromalvéolés jouent un rôle écologique crucial en tant que producteurs primaires, régulateurs de cycles biogéochimiques, et parfois pathogènes pour les animaux et les humains, tels que Plasmodium, le protozoaire causant le paludisme.

Les bicontes sont un groupe d’organismes eucaryotes, qui possèdent deux flagelles pour se déplacer. Ce groupe comprend principalement des algues et des protistes. Beaucoup de bicontes utilisent la photosynthèse pour transformer la lumière en énergie, ce qui les rend essentiels dans les écosystèmes aquatiques pour produire de l’oxygène et nourrir d'autres organismes.

Les eucaryotes sont des êtres vivants dont les cellules ont un noyau, c'est-à-dire un endroit spécial où se trouve le matériel génétique. Ce groupe comprend des plantes, des animaux, des champignons et des micro-organismes. Les cellules eucaryotes sont plus organisées et possèdent des parties appelées organites qui ont chacune un rôle précis. Cela les rend plus complexes que les cellules des bactéries.