Les Protostomiens, un groupe monophylétique de bilatériens, se caractérisent par leur développement embryonnaire protostomien, où la blastopore, première ouverture du développement, se différencie en bouche. Ce clade inclut des lignées comme les lophotrochozoaires (e.g., annélides, mollusques) et les ecdysozoaires (e.g., arthropodes, nématodes). Les Protostomiens montrent une diversité morphologique et écologique significative, et leur évolution offre des perspectives sur l’adaptation aux divers habitats et les systèmes d’organes.

Les Métazoaires (Metazoa) forment un groupe monophylétique d’Opisthokontes qui inclut tous les organismes animaux pluricellulaires. Ils se caractérisent par des innovations évolutives telles que la spécialisation cellulaire en tissus organisés (tissus musculaire et nerveux) et la complexité morpho-fonctionnelle des organes, essentielle à la métazoaire multicellularité. Ce groupe comprend les lignées des éponges, des cnidaires, et des bilatériens, et ils sont essentiels à la compréhension de l’évolution de la multicellularité et des systèmes organiques.

Les Opisthocontes constituent un clade d’eucaryotes caractérisé par un flagelle propulseur postérieur, typiquement observé dans les gamètes mobiles ou dans certaines cellules des espèces unicellulaires. Ce groupe monophylétique inclut les Métazoaires, les Fungi et des protistes tels que les Choanoflagellés et les Nucleariides, formant des lignées basales qui renseignent sur l'évolution des multicellulaires. Les Opisthocontes jouent des rôles écologiques essentiels : les Métazoaires sont intégrés dans divers réseaux trophiques en tant que consommateurs, tandis que les Fungi, en tant que décomposeurs et mutualistes, contribuent significativement aux processus biogéochimiques et aux dynamiques des sols.

Les Unicontes (ou Unikonta) forment un clade monophylétique au sein des eucaryotes, caractérisé par la présence d’un flagelle unique à la base de l’arbre phylogénétique du groupe. Ce clade inclut les sous-groupes des Opisthokontes(champignons, animaux et autres groupes associés) et des Amoebozoaires (amibes et myxomycètes), qui partagent une organisation cellulaire primitive distincte des Bicontes. Les Unicontes occupent des niches écologiques variées et jouent un rôle clé dans les processus écologiques et les cycles biogéochimiques.

Les eucaryotes sont des êtres vivants dont les cellules ont un noyau, c'est-à-dire un endroit spécial où se trouve le matériel génétique. Ce groupe comprend des plantes, des animaux, des champignons et des micro-organismes. Les cellules eucaryotes sont plus organisées et possèdent des parties appelées organites qui ont chacune un rôle précis. Cela les rend plus complexes que les cellules des bactéries.